Das Methodenpapier definiert die grundsätzliche Arbeitsweise des Instituts. Welchen wissenschaftlichen Grundsätzen das IQWiG folgt, ist dort ebenso festgehalten wie die Abfolge der einzelnen Arbeitsschritte beim Erstellen von Berichten, die Vergabe von Aufträgen an Dritte, die Regeln für die Anhörung von Sachverständigen, die Beteiligung von Betroffenen, das externe Review und die Publikation der Ergebnisse. Zentrale Elemente der IQWiG-Methoden sind, dass das Institut einerseits "nur in Ausnahmefällen bei seinen Bewertungen auf nicht randomisierte Interventionsstudien zurückgreifen wird", und andererseits "nach dem Prinzip der Risikovorsorge vorgehend, im Zweifel für die Annahme eines Schadenpotenzials entscheidet".

Im Vergleich zu der zur Stellungnahme veröffentlichten Version haben die Kapitel "Gesundheitsökonomie" und "Leitlinien und Disease-Management-Programme" eine weitgehende Überarbeitung erfahren. In letzterem formuliert das Institut nunmehr auch die Absicht, zukünftig die Evidenzgrundlage für mögliche Nationale Leitlinien des G-BA vorzubereiten. Diese durchaus kritische Zukunftsvision würde theoretisch, anders als mit den bisherigen Einzelentscheidungen, durch weitreichende, verpflichtende Behandlungsrichtlinien den Leistungskatalog der GKV in einer neuen Dimension regulieren. Aus Sicht der DKG erscheint eine möglichst breite Diskussion der Institutsmethoden weiterhin notwendig, zumal die Empfehlungen des IQWiG das Versorgungsgeschehen zunehmend beeinflussen.