Um eine einheitliche Methodik bei der Kalkulation seitens der beteiligten Krankenhäuser zu garantieren, haben sich die Vertragsparteien darauf verständigt, ein sogenanntes Kalkulationshandbuch vorzugeben. Die Selbstverwaltungspartner zeigten sich zufrieden, dass für die Ermittlung der Kostendaten inzwischen über 260 Krankenhäuser ausgewählt werden konnten. Die Kliniken werden über einen Zeitraum von etwa 3 Monaten die tatsächlichen Kosten (Ist-Kosten) ihrer Behandlungen ermitteln. Aus diesen Daten soll dann nach einer festgelegten Methodik die Höhe der Kostengewichte berechnet werden. Die Anzahl der voll- und teilstationär abrechenbaren Fallgruppen ist zunächst auf eine Bandbreite von 600 bis 800 festgelegt worden. Die Steuerung der Kalkulation erfolgt durch das Institut für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK) mit Sitz in Siegburg, das von der Deutschen Krankenhausgesellschaft (DKG), den Spitzenverbänden der Gesetzlichen Krankenversicherung (GKV) und dem Verband der Privaten Krankenversicherung (PKV) im vergangenen Jahr gegründet wurde.

Die Einführung des neuen Vergütungssystems wird weitreichende Konsequenzen und Veränderungen für Krankenhäuser und Krankenkassen nach sich ziehen. Die bisherige Vergütung der Krankenhausleistungen über Tagessätze wird von einem leistungsorientierten DRG-Vergütungssystem (DRG=Diagnosis Related Groups) abgelöst. Das neue voll pauschalierte Vergütungssystem im Krankenhaus soll nach dem geltenden Stand des Gesetzgebungsverfahrens vom 1.1.2003 an freiwillig und vom 1.1.2004 an verbindlich für alle Krankenhausfälle gelten.